asyan.org
добавить свой файл
1


Пам'ятка з використання командного вікна програми RasMol
Після запуску програми RasMol на панелі задач унизу з'являється згорнуте командне вікно RasMol Command Line, яке активізується кликом миші. Якщо зменшити його розміри, можна мати на екрані одночасно і робоче (основне) вікно програми з молекулою, і командне вікно (див. мал.).
NB. Зверніть увагу, що всі команди потрібно вводити англійською мовою. Після запуску програми перевірте і, якщо потрібно, перейдіть на англійську розкладку клавіатури. Регістр (великі, прописні літери або маленькі) значення не має.

 

Натискання лівою клавішею миші на атомі в основному вікні програми дає його стислу характеристику в командному, наприклад:

^ Atom: CA 2092 Group: Asp 54 Chain: H

( α -вуглецевий атом, 2092-й у молекулі, входить до складу аспарагінової кислоти, що стоїть на 54 місці в Н-ланцюзі молекули).

За допомогою командного вікна можна виконувати за допомогою клавіатури всі операції, доступні через пункти меню основного вікна програми, а також виділяти окремі атоми і групи в молекулі, змінювати фон зображення і др.

Виділення здійснюється введенням слова select, назви об'єкта виділення і натисканням [Enter]. Можна виділяти:

атоми певного хімічного елемента (за порядковим номером в Періодичній таблиці Д.І.Менделєєва (наприклад, кисень:)

select elemno=8

певну речовину (наприклад, воду:)

select HOH

певні амінокислоти (використовуються стандартні трибуквені латинські позначення)

select lys
select lys, arg, val


конкретну амінокислоту

select asp54

амінокислоту (групу амінокислот) за номером у первинній структурі

select 34 (select 22-25; select 32, 38, 41-44)

групи амінокислот (гідрофобні, полярні, кислі, лужні, нейтральні й ін.)

select hydrophobic
(polar, acidic, basic, neutral)


α-вуглецеві атоми молекули

select *.CA

небілкові компоненти молекули (гетероатоми)

select hetero

Якщо все зроблено правильно, в командному вікні з'явиться повідомлення про кількість виділених атомів (наприклад, "^ 62 atoms selected!"), якщо команда з помилками - повідомлення про це: "Unrecognised command!". Після виділення атомів або груп можна змінювати їхнє відображення за допомогою команд пунктів меню Display, Colours основного вікна програми - всі команди стосуватимуться тільки виділених елементів молекули. 
Виділення α-вуглецевих атомів білків може стати у пригоді, коли потрібно в молекулі, в якій вже виділено амінокислотні залишки або інші елементи структури, змінити її відображення в цілому (наприклад, показати вторинну структуру чи каркас молекули). Після виділення α -атомів команди пункту меню Display - Ribbons або Backbone дозволять отримати потрібне відображення.
Після виділення всі команди пунктів головного меню програми стосуються тільки виділених елементів молекули; щоб знов змінювати всю молекулу в цілому, необхідно ввести select all, або використовувати пункт меню Edit - Select all.

За допомогою команд, введених у командному вікні, можна ввімкнути (або після використання вимкнути) відображення водневих та дісульфідних зв'язків у молекулах:

hbonds on (hbonds off)         ssbonds on (ssbonds off)

Аналогічні команди дозволяють виділяти атоми, групи атомів, зв'язки в молекулах нуклеїнових кислот, наприклад, азотисті основи (пурини - select purines, пірімідіни - select pyrimidines, конкретні основи: аденін - select a, гуанін - select g і т.п.).
Для того, щоб показати (аналогічно α-вуглецевим атомам білків) хід основних ланцюгів молекул нуклеїнових кислот, можна виділити атоми фосфору пентозофосфатного остову молекули (елемент № 15), а потім застосувати команди пункту меню основного вікна Display - Ribbons, Strands або Backbone.

Якщо було введено кілька команд, то повернутися до однієї з попередніх можна, натиснувши клавішу [] на клавіатурі (команду після цього можна повторити або відредагувати); за допомогою клавіш [] і [] можна перебирати введені раніш команди.

Командне вікно дозволяє також змінювати колір фону (введенням англ. слова "Фон" і назви бажаного кольору):

background white

Можна також обертати молекулу на задане число градусів по кожній з осей (x, y, z):

rotate x - 5
rotate z 15


(не забувайте залишати пробіли між позначенням осі, напрямком повороту і градуса повороту). Обертання на певне значення градусів може бути корисним при створенні gif-анімації з серії зображень.

Інші можливості програми можна освоїти за допомогою User Manual пункту меню Help або шляхом проб і помилок.